Als Raetsel Kaito herausfordert, sich ihr im Puzzle of God vor Jin und Pythagoras zu stellen, werden sie von Nonoha begrüßt, die sich in dieser Zeitlinie zu einem POG-Löser entwickelt hatte. Ihr Gefühl, dass Rätsel mit den Gefühlen anderer gelöst werden, bricht zu Raetsel durch und bringt sie und Kaito zurück in die Realität, wo sie das Rätsel fortsetzen. Kaito nutzt seine Fähigkeiten, damit Raetsel das Rätsel gewinnen kann, und sie werden beide auf die Spitze des Turms gebracht, wo Orpheus versucht, Kaito zu besitzen. Rook, der seinen eigenen Tod vorgetäuscht hatte, benutzt jedoch Cubics System, um Orpheus daran zu hindern, Kaitos Gedanken zu übernehmen, während Kaito enthüllt, dass Orpheus und Jin bereits miteinander verschmolzen waren. Nachdem er verstanden hat, dass das, was Kaito hatte, was ihm und Raetsel fehlte, die Fähigkeit war, Spaß an Rätseln zu haben, gibt Jin Kaito seine letzten Wünsche, bevor er stirbt. Einige Zeit später, als alle ihren Abschluss an der Root Academy machen, gelingt es Nonoha, das Rätsel zu lösen, das Jin zurückgelassen hat, und macht sich auf die Suche nach Kaito, der unterwegs ist, um Kindern beim Rätseln zu helfen.