Aufgrund seiner außergewöhnlichen geistigen Fähigkeiten wird der High School Schüler Daimon Kaito als Kandidat für „Phi Brain“ ausgewählt. In Begleitung seiner Freundin Nanoha macht er sich auf, um sich in den Ruinen, die sich in der Nähe seiner Schule befinden, an einem scheinbar unlösbaren…mehr anzeigen
Während der Baron Jins Vergangenheit und seine Verbindungen zum gefallenen Puzzler Lavoushka enthüllt. Enigma taucht auf und enthüllt seine Vergangenheit und seine Motive für die Eliminierung der Puzzler.