Trotz der gemeinsamen Bemühungen von Tetsuro, Mio, Kanna, Remon (und dem zum Roboter gewordenen Van und der Unterstützung der Männer in Schwarz) und sogar Rinon (mit einer von Emika zur Verfügung gestellten Waffe); und selbst nachdem er den gewünschten Ort gesehen hat, den Kaito aufgrund der Nanomaschinen, die er von Ichika bekommen hat, sehen kann, der Beweis, nach dem sie gesucht haben – ein Liebesschirm, der von dem Außerirdischen, der lange Zeit auf dem Ort notgelandet war, in einen Baum gehauen wurde vor – ist weg, und das Wiederherstellungsteam der Föderation nimmt Ichika mit. Aber durch eine solche Begegnung wurden die Erinnerungen der Außerirdischen an die ferne Zeit, als sie am Ort ankamen, freigeschaltet und zu einem Teil der Erinnerung für alle Beteiligten. Als das neue Schuljahr beginnt, kehrt Kaitos Schwester Nanami von ihrer Reise nach Bolivien mit einem Geschenk für Ichika (eine traditionelle Inkaweste) zurück; Kaito sagt ihr, dass Ichika' Ihr Auslandssemester ging zu Ende und sie kehrte nach Hause zurück. Remon hinterlässt Kaito und den anderen eine unvollständige Version des von ihnen gedrehten Films, bevor er zum MIB zurückkehrt. Ein paar Jahre später haben Kaito, Mio, Tetsuro und Kanna ihren Abschluss gemacht, aber nicht ohne den unvollendeten Film fertig zu stellen. Während einer Neuvorstellung auf dem Schulfest sieht man Ichika (die Nanamis Geschenk trägt) darin auftauchen.