Yu-Gi-Oh! Vrains spielt in Den City, einer Stadt in der Netzwerk-Systeme entwickelt werden. Auch der Firmenriese SOL Technology Co. hat seinen Sitz in der Stadt und nutzt die fortschrittliche Technologie, um sogenannte „Link Vrains“, ein virtueller Raum, zu konstruieren. Doch in diesem Raum erscheint…mehr anzeigen
Nach seinem Sieg über den Ritter Hanois steigt Playmakers Popularität rasant an, sodass die beiden angesagten Charisma-Duellanten ihn ebenfalls zum Duell fordern. Yuusaku seinerseits ist mehr damit beschäftigt, die erbeutete KI zu analysieren.