Ryuko Matoi wechselt an die Honnouji-Akademie, eine Schule, die von einem furchterregenden Schülerrat beherrscht wird, der mächtige Goku-Uniformen trägt, die übermenschliche Fähigkeiten verleihen. Auf der Suche nach Hinweisen auf die Ermordung ihres Vaters konfrontiert Ryuko die Vorsitzende des Schülerrats, Satsuki Kiryuin, und verlangt Informationen über den Besitzer der anderen Hälfte der riesigen roten Scherenklinge, die sie trägt.