Mira und Spectra treffen sich mit Prinz Hydron, der ihr seine Sammlung zeigt und später eine Nachricht von seinem Vater erhält, der über die Zerstörung der beiden anderen Kontrolleure verärgert ist. Hydron befiehlt Mylene, den Widerstand aufzuteilen und zu besiegen, da sie gezeigt hat, dass sie allein schwächer sind, und befiehlt Lync, Spectra im Auge zu behalten und dafür zu sorgen, dass sein neues mechanisches Bakugan kampfbereit ist. Der Widerstand trifft ein, und Ace und Baron erklären, dass der Kontrolleur im Untergrund sitzt und der mächtigste ist. Sie gehen alle hinein, treffen aber auf Volt. Baron kümmert sich um Volt, während die anderen weitergehen und herausfinden, dass Gamma City keine echte Stadt, sondern eine Forschungseinrichtung ist. Plötzlich tauchen Shadow und Mylene auf, und Shun und Marucho treten zum Kampf an.
Spectra führt Mira zu einem Team spezieller mechanischer Bakugan, die er und Dr. Clay selbst entworfen haben und die für Hydron bestimmt sind, aber er will sicherstellen, dass sie nur ihm gehorchen. Spectra befiehlt Mira und Gus, die Bakugan zu benutzen, um Dan und Ace zu bekämpfen und Daten über Drago und Percival zu sammeln. Währenddessen gewinnen die anderen die Oberhand gegen die Vexos. Dan und Ace gehen weiter zum Controller, treffen aber auf Gus und Mira. Ace ist schockiert, dass Mira sie wirklich verraten hat, und Gus befiehlt Mira zu beweisen, dass sie Spectra gegenüber loyal ist.