Haruto, L-elf und Takumi erfahren von der Pino-KI, dass der Valvrave 01 begann, die Runen von Maries Lebenskraft zu extrahieren, als ihr die Erinnerungen ausgingen, und sie dabei tötete. Diese neue Enthüllung zeigt ebenfalls leichte Anzeichen des gleichen Phänomens und erschüttert Haruto so sehr, dass er Angst vor dem Betrieb des Valvrave 01 bekommt. Danach kündigt L-elf an, dass sie sich mit den dorssischen Royalisten verbünden und ihnen helfen werden, ein bekanntes dorssisches Militär-U-Boot zu zerstören als „Das Phantom“. In der Zwischenzeit informiert X-eins H-nuen über seine Einladung zu einem privaten Treffen in Grünau durch Cain, was zu einer Untersuchung durch H-neun führt. Haruto und L-Elf infiltrieren später das Phantomschiff und entdecken schockierend einen geheimen Raum, in dem Runen von Menschen geerntet werden. Gleichzeitig greift Cain H-neun in seiner Villa in Grünau an, als dieser auf ein Magius-Treffen stößt, bei dem sie beabsichtigen, X-eins und die gesammelten Runen für eine bestimmte Zeremonie zu verwenden. Zur gleichen Zeit entdecken die Dorssianer die New JIORianer und nachdem L-Elf Haruto für geistig untauglich hält, versucht er, dassHilfemi sie mit dem Valvrave 01 beschützt, sehr zu Harutos Protest. Als Haruto und L-Elf jedoch ihre Gefühle der Machtlosigkeit erkennen, benutzt ersterer Einheit 01, um die Dorssianer abzuwehren, während er sich entschließt, den Krieg zu beenden, bevor der Valvrave sich das Leben nimmt. Während X-eins das ruinierte Treffen entdeckt, macht sich ein weiteres Phantomschiff auf den Weg zum Mond.