Durch das unfreiwillige Eingreifen des Pokémon Shaymin in einen Kampf zwischen den legendären Pokémon Giratina und Dialga wird Giratina in der Gegenwelt, einer Parallelwelt, in der nur Giratina existiert und über sie herrscht, eingesperrt.
Als kurz darauf Ash und seine Freunde, Rocko, Lucia und natürlich Pikachu, Shaymin dabei erwischen, wie es ihre Mahlzeit verschlingt, machen sie es sich zur Aufgabe, Shaymin zu seinen Artgenossen zu bringen, die sich an einem besonderen Blumenfeld versammeln sollen. Auf ihrer Reise dorthin begegnen ihnen jedoch einige Schwierigkeiten, so will das erboste Giratina Shaymin fangen, damit dieses ihm hilft, aus der Gegenwelt auszubrechen, um die Jagd nach Dialga aufnehmen zu können; zusätzlich taucht noch der böse Wissenschaftler Zero auf, der mithilfe von Giratinas Macht die Gegenwelt in seinen Besitz bringen und somit auch das Schicksal der normalen Welt in den Händen halten will.