Vor vielen Jahren fing ein Wissenschaftler an, seine Gene zu manipulieren und so wurde die Menschheit in zwei Lager gespalten. Auf der einen Seite die Coordinators, genmanipulierte Menschen, die auf Raumkolonien leben und auf der anderen Seite die Naturals, »normale« Menschen, die zunehmend die Coordinators…mehr anzeigen
Eine EF-Flotte unter der Führung von Orb-Truppen steuert auf das Schwarze Meer zu, um der ZAFT einen kritischen Schlag zu versetzen. Ein Dritter wartet jedoch in den Startlöchern, um den Kampf zu stoppen.