Major Kusanagi, Batou und Togusa kommen dem Verschwinden von Dr. Akio Asuda auf die Spur, einem Wissenschaftler, der maßgeblich an der Entwicklung des Neurochip-Prototypen für die Künstliche Intelligenz der Tachikomas beteiligt war. Da Asuda für eine staatliche Forschungseinrichtung arbeitete, konnte er seine Erfindung nicht zum Patent anmelden, um damit Geld zu verdienen. Deshalb will er sich mit den Daten über seine Arbeit nach Amerika absetzen, kann jedoch vom Einsatzteam vorher festgenommen werden. Batou und Togusa erfahren von Major Kusanagi, dass die KI der Tachikomas sich gar nicht mehr in deren Körpern befindet, sondern aus Sicherheitsgründen auf einem Server in einem Satelliten in der Erdumlaufbahn untergebracht ist.