Boruto nennt den rätselhaften Schatten, den keiner außer ihm sehen kann, jetzt „Geist“. Mit der Hilfe seiner Kameraden Shikadai und Mitsuki will er den „Geist-Fall“ endlich aufklären. Währenddessen untersucht Sai, als ehemaliges Mitglied der „Ne“ Organisation, für den Hokage die gleichen Vorfälle und macht eine schwerwiegende Entdeckung.