Yugi Moto und seine Freunde sind in ihrem letzten Jahr an der Highschool, als plötzlich merkwürdige Dinge geschehen. Einige Schüler und andere Menschen verschwinden spurlos, und ein mysteriöser Junge namens Aigami taucht auf, der Yugi und seinen Freunden jedoch irgendwie bekannt vorkommt. Bald stellt sich heraus, dass Aigami hinter dem Millenniumpuzzle her ist und große Macht besitzt. Um ihn aufzuhalten, muss Yugi sich mit seinem alten Rivalen Kaiba arrangieren.